神笔院中诸葛亮塑像手中执的不是羽扇而是一支金笔，两书童一人拿着《后出师表》，一人捧着端砚恭立于侧。相传一到夜晚，神笔院中金光闪闪，这金光是诸葛亮塑像手中那只金笔端发出的。蜀汉末年至晋太康初年近二十余年时间，老百姓集资，捐工修建了神笔院、集贤堂、中军殿、天贡堂七十余间庙宇，人们爱称军师院。数十年间香火十分旺盛。东晋时，前秦苻坚南侵，派大将杨安攻打四川，到处烧杀抢掠，毁庙杀僧，筹笔滩上的八庙沟两岸的八座寺观，都被毁为灰烬。一日，这伙贼寇又来到军师庙，毁损了中军堂、集圣堂，正当他们涌进神笔院时，只见诸葛塑像目光炯炯，神态威严，左手书简析析有声，右手金笔闪闪发亮，贼们被诸葛的威严镇住了。这时有一个小头目，见诸葛手中的金笔勃然心动，高举手中的利剑向强盗们吼道：“诸老二手中的那支金笔，谁抢到手抢谁先得”，说着一步率先上了神台，正欲举手，突然笔端金光四射，小头目的双眼也被刺瞎了，其余盗寇的双眼也被刺瞎了，兵匪再不敢到军师庙来挠乱了。北周初期，益洲总管王谦发动叛乱,北攻利州向汉中进发,他不满意诸葛亮的忠君思想，匪兵们到筹笔后，捣毁了庙内的近百尊塑像，砸碎了《后出师表》等碑碣，当这伙强盗退至清风峡栈道上，诸葛亮显圣，用刺目的金光，将千百军马匪兵刺瞎了双目，贼军前突后涌，栈桥坠塌，人马全跌进了嘉陵洪流，现清风峡中有一处地名叫断头崖，相传是贼寇跌入嘉陵江的地方。筹笔驿的神笔传说、名扬四方。

    后来人们又将毁坏的庙宇培修好，毁坏的塑像全又建了起来。隋朝末年杨广无道，天下大乱，身披鹤氅，在众甲神将的簇拥下，声箫鼓乐，身旁一金甲神手捧香帛给诸葛亮，诸葛亮虔诚地向汉王山跪拜后，面向四周的父老频频致意。有一金甲神向众宣告：诸葛亮已被天宫玉帝召去作左丞相了，今后庙堂香请你们照常供奉，他将保佑你们风调雨顺五谷丰登。诸葛亮和众金甲神将向南天门飞腾去了。人们醒后，耳畔金鼓仙乐余音犹存。天还未亮，人们从四面八方涌进了军师庙，筹笔院里已无诸葛金身塑像了，大家朝天跪拜，盼望诸葛消灭动乱，使天下都能风调雨顺，国泰民安。为了纪念诸葛亮，人们又照原样塑了一座诸葛金身像。隋朝末年，军师庙毁于天火，火延十日不熄。